1、传染病医院设计明确功能分区
医院总体布局按使用性质划分为医疗工作区后勤服务供应区和行政管理与生活区等三大区域。三区之间根据医疗工作的特点，应严格分区，留有适当防护距离。医疗工作区主要由门诊部、住院部、医技部、太平间和尸 体解剖室等组成,是医务人员直接接触传染病病人(或传染源)的场所，可在总体上定义为污染区，宜位于后勤服务供应区和行政管理与生活区常年主导风向的下风向。对进出医疗工作区的人员与物品要加以严格控制。
2、划分清污流线
传染病医院人流、物流应严格划分清、污流线，隔离传染源，避免交叉感染。传染病医院的出入口设置应保证洁、污流线分置，避免造成院内交叉感染，不得少于三个出入口。
3、合理处理污废物质
传染病医院中多数废弃物中都带有污染物质，随意处置会给周围环境造成污染，并引发严重恶果。传染病医院污废水应依国家标准特殊消毒排放，污废物集中消毒处理。总体布局应解决好污废处理与排放问题，应统一规划与主体建筑同步建设。
4、做好隔离防护
传染病医院设计的建筑布局强调隔离防护，避免不同类病种的交叉感染，建筑物间要保持适当距离。同时，建筑间种植绿色植物，可大大降低空气中的含尘率，许多植物的芽、叶、花粉还能分泌 出强大的杀菌素，起到很好的消毒隔离作用。良好的园林绿化环境，也有助于稳定和调节病人心境，促进病人康复。